當(dāng)發(fā)酵溫度上升到45℃以上時(shí)，即進(jìn)入高溫階段。除少部分殘留下來的和新形成的水溶性的有機(jī)物繼續(xù)分解外，復(fù)雜的有機(jī)物，如半纖維素、纖維素等開始強(qiáng)烈的分解，同事腐殖質(zhì)開始形成，出現(xiàn)了能溶于堿的黑色物質(zhì)。這一階段主要是嗜熱性微生物開始活動。通常在50℃左右活動的主要是嗜熱性真菌和放線菌；溫度上升到60℃以上時(shí)，真菌（絲狀真菌等）幾乎全部停止了活動，嗜熱放線菌和細(xì)菌（芽抱桿菌等）的活動占優(yōu)勢；到了70℃以上，微生物大量死亡或進(jìn)入休眠狀態(tài)，因此溫度又會下降，當(dāng)?shù)陀?0℃時(shí)，休眠好熱的微生物又重新活躍起來并產(chǎn)生新的熱量，經(jīng)過反復(fù)幾次在70℃的高溫水平，腐殖質(zhì)已經(jīng)基本形成，發(fā)酵物料基本趨于初步穩(wěn)定。在高溫階段，嗜熱性微生物按其活性，又可分為：對數(shù)生長期、減速生長期、內(nèi)源呼吸期。很多的嗜熱微生物，包括細(xì)菌，放線菌和絲狀真菌，是分解纖維素和果膠類物質(zhì)能力很強(qiáng)的微生物，因此，在高溫階段，纖維素，果膠類物質(zhì)被大量分解。